Im dritten Teil der erfolgreichen Saga muß Batman (V. Kilmer) gleich gegen zwei Verbrecher antreten. Riddler (J. Carrey) und Two-Face (T. Lee Jones) haben eine Maschine gebaut, um die Gehirne der Einwohner unter ihre Kontrolle zu bringen. Dr. Chase Meridian (N. Kidman) ist eine Psychologin, die ihnen nicht nur dabei hilft, sondern auch von Batman (V. Kilmer) fasziniert ist. Gemeinsam versuchen sie herauszufinden, wer Batman wirklich ist. Zum ersten Mal tritt Batmans Partner Robin (C. O'Donnell) in Erscheinung, der sich Two-Face vornehmen will. Nachdem die Bösewichte Batman provozieren, stellen sie ihn vor eine entscheidende Frage….