Mit der Story verhält es sich folgendermaßen.
Zunächst werden die 6 Epochen bzw. Teilgeschichten und Charaktere eingeführt. Bei manchen Epochen, wie z.B. mit der Duplikantin wird sie rückwärts erzählt. Dann zeigen sich beim Verlauf der Story die ersten Parallelen zwischen den Hauptakteuren. In mehreren Passagen wird der Verlauf der Geschichte beibehalten, aber in unterschiedlichen Epochen weiter erzählt. So entsteht das Gefühl, dass alles miteinander verknüpft ist. In den Zukunftsepochen ist es oftmals auch der Fall, dass sich die Akteure erinnern, die bildliche Darstellung aber in einer anderen Epoche erzählt wird. Gerade bezüglich der Komponierung des Wolkenatlas-Sextetts ist das der Fall. Auch die Namen der Akteure weisen auf parallele Handlungsstränge hin, wie z.B. der Name Sixsmith. (Die Zahl 6 im Namen).
Die ganzen Handlungsparallelen hier aufzulisten würde viel zu lange dauern. Ein genereller Tipp beim Gucken ist bei den Akteuren genau auf die Mimik und deren Gesichtern zu achten, denn die sind in allen 6 Epochen exakt gleich, bis auf etwas andere Masken.