Captain Hauser (C. Tatum) und sein Team sollen lediglich ein paar Sprengkörper transportieren, die Nano-Roboter beinhalten. Doch als die Terrororganisation „Cobra“ angreift, die von der Baroness (S. Miller) und dem „Doctor“ (J. Gordon-Levitt) geleitet wird, um diese in ihre Finger zu bekommen, um damit die Welt zu erpressen, eskaliert die Lage. Doch die Rettung naht, als die Spezialeinheit „G.I. Joe“ eingreift und in letzter Minute den Anschlag von Cobra vereiteln kann. Hauser und sein Kollege Weems (M. Wayans) versuchen nun alles, um der beinharten Elitetruppe beizutreten. Und schon bald sollen sie ihre Chance erhalten, denn die Baroness plant schon wieder den nächsten Angriff …