In einer Welt in der Pokémons und Menschen in friedlicher Koexistenz miteinander leben, ist es der größte Traum des kleinen Tim Goodman (M. Fincham) ein echter Pokémontrainer zu werden. Neun Jahre später ist aus dem großen Tim (J. Smith) jedoch ein zynischer junger Mann geworden, der unter der Entfremdung zu seinem Vater, dem bekannten Polizeidetektives Harry Goodman (P. Kitson), leidet. Doch dann verschwindet Harry während einer Verfolgungsjagd spurlos und Tim macht sich auf nach Ryme City, um seinen Vater zu suchen. Dort stößt er allerdings erst einmal auf den früheren Partner seines Vater, das Pokémon Detective Pikachu und macht dabei eine erstaunliche Entdeckung: Im Gegensatz zu anderen Menschen, ist er imstande Pikachu zu verstehen und was die schnoddrige Großklappe zu sagen hat, ist weit weniger charmant, als es das süße Piepsen, das alle anderen Menschen hören, vermuten lässt. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach Detektive Goodman und kommen dabei einer Verschwörung auf die Spur, die alle Pokémons auf der Welt bedroht ...