Aaron Cross (J. Renner) ist nach Jason Bourne die neueste Schöpfung der CIA Killereinheit "Treadstone". Während Jason Bourne gerade versucht, die Köpfe der Organisation, darunter Noah Vosen (D. Strathairn) und Dr. Albert Hirsch (A. Finney), in New York ausfindig zu machen, erfährt Aaron eine neuartige genetische Behandlung durch Doktor Marta Shearing (R. Weisz). Diese soll ihn zu einem noch besseren Killer machen. Als er gerade eine Trainingsmission absolviert geht die Bombe hoch: Bourne entblößt die Machenschaften der CIA und diese versucht natürlich nun, alle Spuren zu beseitigen. Blöd nur, dass auch Agenten Spuren sind, also bringt man sie alle um und auch Aaron findet sich auf der Abschussliste wieder ...