Ansich ist dass Format realtiv egal sofern der Player es am Ende unterstützt. Mit AVI und MP4 fährt man da immer gut, MPG sollte auch kein Proplem darstellen.
Du musst drauf achten nur eine hohe Bitrate einstellen.
Ganz Verlustfrei ist ne Umcodierung nie, allerdings kann man optisch bei entsprechend hohen Bitrates kaum bis keine Unterschiede feststellen.
In jedem Fall sollte die Bitrate bei HD-Videos über 15000 liegen, damit das Ergebnis dann auch toll aussieht.
Mkv ist ein Container-Format. das benötigst du nicht wenn du nicht grade Untertitel und diverse Tonspuren einbasteln willst.