Nach dem Ende der Klonkriege und der Ausrufung des ersten Galaktischen Imperiums wurden sämtliche überlebenden Klonkrieger zu Sturmtruppen gemacht und in das Militär des Imperiums umgegliedert.[3] In den ersten Monaten nach den Klonkriegen wurden sie hauptsächlich eingesetzt, um ehemalige Widerstandsnester der Separatisten zur Kapitulation zu bewegen oder um den Willen des Imperators auf den verschiedenen Welten durchzusetzen.[4] Ihren ersten größeren Kampfeinsatz hatten sie schließlich in der Zweiten Schlacht von Kashyyyk, wo sie schwere Verluste durch Wookiees hinnehmen mussten.[3] Im Jahr 18 VSY wurden sie mit neuen Rüstungen und Waffen ausgestattet. Dabei wurden ihre Reihen massiv durch die Spaarti-Klone verstärkt, die Palpatine während des Krieges auf Centax 2 züchten ließ. Einer der ersten Einsätze, im neuen Erscheinungsbild, führte die berühmteste Legion der Sturmtruppen, die 501. Sturmtruppenlegion auf den Planeten Naboo, wo sie für Ordnung und Frieden sorgen sollte. Dies wurde dadurch erreicht, dass sie die Königin der Naboo, Apailana, zwangen, abzudanken. Sie versuchte zwar, sich ihnen mittels überlebender Jedi und Sicherheitskräfte zu widersetzen, doch war dieser Versuch vergeblich.[5]
Bis zur Schlacht von Kamino im Jahr 9 VSY bestand die 501. noch vollständig aus den Klonen des Kopfgeldjägers Jango Fett. Doch als die Kaminoaner versuchten, eine Rebellion gegen das Imperium zu starten und dazu eigens gezüchtete Klonkrieger nutzten, schickte der Imperator Sturmtruppen unter der Führung Boba Fetts aus, um sämtliche Klone sowie das Genmaterial Jango Fetts zu zerstören. Die ausgesandten Sturmtruppen hatten trotz einiger Hemmungen, ihre eigenen Brüder zu töten, Erfolg und von den Klonen Jango Fetts sowie dessen Genmaterial blieb nichts übrig. Seitdem zog es der Imperator vor, auch andere Klonvorlagen sowie normal rekrutierte Soldaten für die Sturmtruppen einzusetzen.