Danke für den Hinweis - aber das sind die MKVToolnixbestandteile

mkvmerge = mkvtoolnix

Du hast Recht, dass man die MKV auch direkt in MKVToolnix/merge einladen und neu abspeichern kann.

In wieweit jedoch auch ein Profilflag Einfluss haben kann oder nicht, versuche ich noch rauszufinden und das Profilflag liesse sich beim Demuxen mit tsMuxeR neu setzen, daher der eingeschlagene Weg im ersten Schritt über den tsMuxeR.