Die Geschehnisse von Metropolis haben nicht nur Spuren in der Stadt hinterlassen, sondern vor allem bei den Menschen. Superman (H. Cavill) besiegte General Zod (M. Shannon), aber zu welchem Preis? Seine gottähnlichen Fähigkeiten haben neben Bewunderern und 'Gläubigen' auch Skeptiker und Feinde hervorgebracht. Wem ist denn Superman verpflichtet? Wer könnte ihn richten oder gar bestrafen? Und sollte er bestraft werden für seine Taten?
Für Bruce Wayne (B. Affleck) lautet die Antwort: Ja! Deshalb begibt er sich als Batman nach Metropolis um Superman zu stellen, haben dessen Taten doch eines von Bruces Geschäftshäusern zerstört und hunderte Menschen getötet. Während beide Helden und auch die Menschheit um das Für und Wider ringen, regt sich im Verborgenen eine neue Bedrohung. Der junge Lex Luthor (J. Eisenberg) scheint verschiedene Dinge voranzutreiben. Aber was hat er vor? Und wer wird ihn stoppen ..?