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13 Jahre sind seit den Ereignissen aus Elite Squad vergangen. Mittlerweile ist der ehemalige Captain Nascimento (W. Moura) die Karriereleiter heraufgepurzelt und bekleidet jetzt eine Position als Sicherheitsoffizier in Rio de Janeiro. Ihm untersteht nun die Militärpolizei BOPE.
Nascimento verfolgt den Plan, mit Hilfe der BOPE noch stärker in den Straßen Rios durchzugreifen. Er will die auf Drogen und Gewalt aufgebauten Gangs zerstören und somit gleichzeitig dafür sorgen, dass diese keine Möglichkeit mehr haben, korrupte Polizisten zu schmieren.
Doch es kommt anders: Kaum sind die Gangs zurückgedrängt, übernehmen die Polizisten die schmutzigen Geschäfte. Und bevor er es sich versieht, ist Nascimento von Feinden in den eigenen Reihen umgeben...