Die Story beginnt zur zur gleichen Zeit wie der Vorgänger. Der neue Held befindet sich auf der Flucht, während die grauen Wächter am anderen Ende von Ferelden gegen die Dunkle Brut kämpfen.

Die Story thematisiert, wie Hawke über mehrere Jahrzehnte hinweg zum großen Helden von Ferelden aufsteigt. Die Entwickler bedienen sich dabei eines narrativen Tricks. So wird die Geschichte zwischen den Kapiteln von zwei anderen Charakteren erzählt: Cassandra bekundet Interesse am Leben von Hawke und bekommt dessen Geschichte vom Zwergen Varric erzählt.

Obwohl der Held vorgefertigt ist, kann der Spieler weiterhin zwischen dem Krieger, Magier und Schurken entscheiden. Neue Fähigkeiten werden besonders beim Krieger sowie beim Schurken entdeckt. Letzterer hat Ninja-ähnliche Talente, was an dem schnelleren Kampfsystem liegt.

Der Held besitzt nun eine Stimme, womit monotone Gespräche der Vergangenheit angehören dürften. Zusätzlich werden in den Dialogen wählbare Antworten mit einem Symbol aufgeschaltet, das anzeigt, ob das Gesagte friedvoll, dramatisch oder aggressiv ist. Antworten können auch Auswirkungen auf das Image innerhalb der Gruppe haben. Jene Antworten sind mit einem speziellen Symbol versehen.

Die Angzeige für Leben, Magie und Energie besteht nun aus normalen Balken anstatt den unübersichtlichen Halbkreisen um das Charakterportrait herum.

Das System der erwerbbaren Fähigkeiten durch den Levelaufstieg wurde ebenfalls verändert. So sind diese nicht mehr in aufeinander aufbauenden Vierergruppen angeordnet, sondern entsprechen eher einem Baum mit Verästelungen. Einzelne Talente lassen sich nun auch upgraden, so kann man beim Inferno-Zauberspruch – der einen Feuersturm auslöst – den Radius vergrößern.